内視鏡は、胃や大腸の検査にとどまらず、治療の重要な道具として使われ、近年、身体に負担を出来る限りかけない治療や、緊急時の治療の手段として欠かせないものとなっています。
ポピュラーな例としては、大腸ポリペクトミー（内視鏡的ポリープ切除術）があり、開腹手術を行うことなく大腸内のポリープを切除・摘出できます。
実際の治療は、内視鏡のみではなく、Ｘ透視装置を併用しておこなわれることもあります。
内視鏡を用いた治療例
ERBD(内視鏡的逆行性胆道ドレナージ）
胆汁は、肝臓で生産され胆嚢で蓄積濃縮され必要時に胆道（総胆管）を経て十二指腸（ファーター乳頭）に排出されます。ここで、病的もしくは外科的（胆石）等により胆道が塞がれ胆汁が排泄出来なくなった（閉塞性黄疸）場合、胆道と十二指腸内を結ぶ特殊な管（カテーテル）を一時に留置し、胆汁を排泄させる治療法です。
EML (内視鏡的機械的結石破砕術）
胆道内に結石が存在し右記病態にある時、内視鏡を利用し、胆道内に結石を挟み込んで砕く特殊な鉗子を挿入し、砕いて石を取り出す方法です。事前に乳頭バルーン拡張術やEST(内視鏡的括約筋切開術）をおこない、結石を摘出・排泄させやすい状態にします。また必要に応じて、砕かれた結石を特殊なバルーン（風船）を用いて強制的に排泄させる手技も行います。
結石を破砕（砕く）方法としては、他にESWL(体外衝撃波結石破砕術）があります。結石を取り除く方法としては、通常の外科手術のほか・EML・ESWLがあり、患者様の状態により最適な手技を選択することができます。
EVL (内視鏡的静脈瘤結紮術）
食道静脈瘤破裂部位の止血措置として、内視鏡を用いて特殊な器具（輪ゴム状の結紮材料）で破裂部位を塞ぐ方法です。
EIS（内視鏡下注入硬化療法）
食道静脈瘤破裂の場合、内視鏡を用いて、出血部位の血管壁を特殊な薬剤で硬化（固める）させ止血する方法です。